Dadansoddi

Rydym yn gweithredu'r unig labordy trwybwn uchel yn y Deyrnas Unedig sy'n ymroddedig i wyliadwriaeth iechyd cyhoeddus yn seiliedig ar ddŵr gwastraff, gydag achrediad ISO 17025. Mae ein labordy wedi'i gyfarparu ag uwch dechnolegau, gan gynnwys peiriannau QuantStudio RT-qPCR, BioRad dPCR, Illumina NextSeq a MiSeq, ac Oxford Nanopore MinION a GridION. Mae samplau a gesglir yn y maes yn destun dadansoddiad cynhwysfawr mewn labordy, sy'n cynnwys: 

• Adnabod a meintioli amrywiaeth eang o firysau targed, gan gynnwys SARS-CoV-2, ffliw A a B, RSV, enterofirws, enterofirws D68, poliofirws, norofirysau, firysau hepatitis A ac E, adenofirysau dynol, a sapofirysau. 

• Dilyniannodi amrywiolion SARS-CoV-2 i nodi amrywiolion posibl sy'n peri pryder (VOCs), yn ogystal â dilyniannodi enterofirysau. 

• Echludo a meintioli gronynnau firol cyfan a heintus, ac yn canfod yn ddiofyn gronynnau nad ydynt yn heintus. 

• Cyfoethogi firysau a allai fod yn niweidiol er mwyn eu dadansoddi’n bellach. 

• Dadansoddi ansawdd dŵr gwastraff cemegol a ffisegol, gan gynnwys paramedrau megis pH, amoniwm, ffosffad, dargludedd trydanol, tyrfedd, carbon toddedig, metelau, a’r galw am ocsigen biolegol (BOD). 

• Mesur a dadansoddi genynnau ymwrthedd gwrthficrobaidd ac elfennau genetig symudol trwy metagenomeg a qPCR trwybwn uchel. 

• Dadansoddiad fferyllol mewn cydweithrediad â Phrifysgol Caerfaddon. 

• Casglu a meithrin Clostridium difficile mewn partneriaeth â’r Uned Gyfeirio Anaerobau, Iechyd Cyhoeddus Cymru. 

• Dadansoddi Cryptosporidium mewn cydweithrediad â'r Uned Gyfeirio Cryptosporidium, Iechyd Cyhoeddus Cymru. 

• Dadansoddi parasitiaid mewn perthynas â dermatitis sercarial (brech y nofiwr) mewn amgylcheddau dŵr croyw. 

• Dadansoddi ffliw adar mewn ffynonellau dŵr naturiol. 

Am ragor o fanylion ynglŷn â dulliau, gweler ein cyhoeddiadau. 

Prif Nodau a Dulliau: 

Optimeiddio’r Broses o Gasglu Firysau o Samplau Amgylcheddol 

Rydym yn mireinio dulliau’n barhaus er mwyn gwella’r broses o gasglu firysau, ffyngau, protistiaid a bacteria o amrywiaeth o fatricsau amgylcheddol, gan gynnwys dŵr gwastraff (sy’n mewnlifo ac yn all-lifo), pysgod cregyn, dŵr afonydd a llynnoedd, gwaddodion, a dyfroedd morydol a morol. 

Er bod astudiaethau blaenorol wedi canolbwyntio ar gasglu firysau penodol o rai matricsau amgylcheddol, rydym yn mynd i'r afael â chyfuniadau nad ydynt wedi'u harchwilio eto. Mae ein dull ni'n cymharu effeithlonrwydd dulliau casglu traddodiadol â thechnegau newydd. 

Ar gyfer meintioli sensitif, defnyddir Adwaith Cadwynol Polymeras meintiol (qPCR) a thrawsgrifiad gwrthdro qPCR (RT-qPCR) ochr yn ochr ag RT-LAMP a PCR defnyn digidol (dPCR), gan dargedu dilyniant cynrychioladol genomau firysau targed. Rydym yn defnyddio HT-qPCR ar gyfer dadansoddiad ymwrthedd gwrthficrobaidd ynghyd â metagenomeg ar yr Illumina NovaSeq. 

Paratoi Samplau ar gyfer Dadansoddi Metagenomeg 

Mae metagenomeg yn cyfeirio at ddadansoddiad genynnol uniongyrchol o enomau sydd wedi'u cynnwys mewn sampl amgylcheddol. Mae genomau firol, a all fod naill ai'n RNA neu DNA edefyn dwbl neu edefyn sengl, yn cael eu casglu i greu llyfrgelloedd genomig. Mae'r broses baratoi yn cynnwys y canlynol: 

• Mae'r cyfun-nwydd ar gyfer pob edefyn DNA a gynaeafir yn cael ei syntheseiddio i gynhyrchu DNA edefyn dwbl o firysau DNA edefyn sengl, gan ddyblu nifer y moleciwlau DNA edefyn dwbl. 

• Yna caiff RNA firol ei drawsnewid yn DNA trwy drawsgrifiad gwrthdro ac yna ei wneud yn DNA cyflenwol edefyn dwbl (cDNA). 

Mae llyfrgelloedd DNA ac RNA o bob sampl amgylcheddol a sampl â chod bar yn cael eu dilyniannodi mewn cyfansymiau, ac mae hynny yn ein galluogi i gynhyrchu setiau data mawr, uchel eu cwmpas - galluoedd sydd ond wedi dod yn bosibl yn ddiweddar. 

Archwilio Heintusrwydd Firol mewn Samplau Amgylcheddol 

Mae diagnosteg firol gyfredol yn canolbwyntio ar ganfod genomau trwy Adwaith Cadwynol Polymeras (PCR), gan na ellir meithrin y rhan fwyaf o firysau enterig yn rheolaidd. Un her allweddol yw pennu a yw genomau firol a ganfuwyd yn tarddu o firysau hyfyw, heintus. 

I fynd i'r afael â hyn, rydym yn archwilio dulliau i asesu cyfanrwydd firol fel marciwr ar gyfer heintusrwydd, gan ganolbwyntio ar gyfanrwydd capsidau a genomau. Yn absenoldeb meithriniad, rydym yn gwerthuso'r marcwyr hyn ochr yn ochr â PCR. Yn ogystal, rydym yn defnyddio firysau dirprwyol y gellir eu meithrin, megis bacterioffâg RNA neu Phi 6, i bennu heintusrwydd firol a'u cymharu â modelau heintusrwydd ar gyfer firysau megis SARS-CoV-2. 

Mae'r dull deuol hwn yn helpu i wella ein dealltwriaeth o hyfywedd firol mewn samplau amgylcheddol, gan ategu dulliau canfod genetig.